La storia di Marettimo affonda le radici in un tempo molto lontano come è stato possibile comprendere anche dai diversi reperti, quali punte di frecce e ossidiana, che sono state rinvenute sull’isola. Studi recenti, portanti avanti da un team di ricercatori di Enea e dalle Università di Roma Sapienza, Palermo, Trieste e Salento, ha permesso di documentare la presenza umana già 8.600 anni fa. I ricercatori hanno individuato resti di un pasto all’interno della Grotta del Tuono. Come in tutta la Sicilia, da qui sono passati tanti popoli. La sua posizione geografica l’ha sempre resa un ottimo riparo per le navi che attraversavano il Mediterraneo e che potevano fermarsi qui alla ricerca di un punto di sosta dove rifornirsi e proteggersi dalle mareggiate.Nel 241 a. C. le acque delle Egadi furono teatro della prima guerra punica che sancì la vittoria dei Romani sui Cartaginesi. Da quel momento, i Romani s’insediarono sull’isola. Ne sono testimonianza quelle che tutt’ora vengono definite le “Case romane”: due edifici a pianta quadrata, costruiti per scopi militari nella parte più alta dell’isola: da qui infatti si poteva sfruttare l’ampia visuale su tutto l’ambiente circostante. Da Marettimo i Romani potevano tenere sotto controllo la rotta dei naviganti tra la Tunisia e Roma. Nello stesso sito delle Case Romane, intorno al XI-XII secolo, i monaci Basiliani costruirono anche una piccola chiesa. Dall’isola passarono anche Vandali, Bizantini e Saraceni. Questi ultimi costruirono la torre d’avvistamento di Punta Troia.Nel 1078, Ruggero d’Altavilla riuscì nel suo intento di strappare ai musulmani tutta la parte occidentale della Sicilia, introducendo il culto cristiano. Alla dominazione normanna seguì poi la presenza di Svevi, Aragonesi e Borboni. Nel 1637 Filippo IV di Borbone vendette le isole Egadi ai Pallavicino di Genova con lo scopo di rinfrancare le casse della Corona. Tra il 1802 e il 1803 da Marettimo passò anche il patriota Guglielmo Pepe che venne rinchiuso nella fossa di Punta Troia, citata nelle sue memorie.L’antico nome dell’isola è Hiera Nésos ovvero isola sacra, testimonianza del valore che le antiche popolazioni gli attribuivano. Con questo nome è citata anche da Polibio. Il nome attuale, che compare già dal terzo secolo d. C., invece ha un’origine incerta. Potrebbe essere legato ai due elementi che caratterizzano l’isola il mare e la montagna, citata attraverso il timo selvatico che cresce abbondante sull’isola. Nel ‘900 l’isola fu protagonista di un forte flusso migratorio verso l’America, la California e l’Alaska dove molti pescatori andarono a cercare fortuna.