Le tracce della storia antica di Favignana si possono ritrovare anche nell’area archeologica di San Nicola, sul versante nord- est dell’isola, zona probabilmente frequentata fin dal periodo arcaico a giudicare dai ritrovamenti fatti in loco. Le ricerche infatti hanno permesso di mettere in luce le tracce, in quest’area, di un antico impianto per la lavorazione del pescato e un ninfeo probabilmente di epoca romana.

Nell’area anche diverse grotte tra cui l’ipogeo conosciuto proprio come Grotta del Pozzo.

Scoperta solo nel 1968, la Grotta del Pozzo, deve il suo nome ad un pozzo di recente costruzione, ma l’importanza del luogo dal punto di storico ed archeologico è legata ad un’epoca molto più antica che riporta fino al tempo dei fenici. Alla grotta, di pianta quadrangolare, si accede da un’ampia scala ed è possibile vedere ancora, sul fianco, i resti dell’antica scalinata. Ma quello che più colpisce è la presenza di una decina di iscrizioni e raffigurazioni pesciformi risalenti al periodo compreso fra il IV sec. a.C. e il I sec. d.C. che attestano il suo utilizzo come luogo di culto o di sepoltura in epoca paleo-cristiana. Una di queste, posta a circa 1,80 cm dall’altezza del suolo, utilizza alcune lettere che possono essere riferite all’alfabeto punico e che pertanto lasciano ipotizzare l’utilizzo della lingua punica in ambito liturgico.

Di particolare rilievo anche un’invocazione a Sant’ Erasmo.

La presenza di nicchie e loculi hanno permesso di immaginare che la grotta fosse frequentata anche in periodo successivo fino a tempi molto più recenti. Probamente avrà ospitato al suo interno anche navigatori in cerca di un riparo mentre, ancora più recentemente, è stata utilizzata come riparo per gli animali. Oggi la Grotta del Pozzo fa parte del Parco archeologico di Lilybeo – Marsala.